Para além do Parque Natural da Madeira, a Região Autónoma da Madeira possui várias áreas protegidas e classificadas na Rede Natura 2000
Existem áreas exclusivamente marinhas, como a Reserva Natural Parcial do Garajau e a Reserva Natural da Rocha do Navio, instituídas para a salvaguarda dos recursos piscícolas.
As áreas protegidas englobam ainda áreas mistas (terrestres e marinhas), como a Reserva Natural das Ilhas Desertas, a Reserva Natural das Ilhas Selvagens e a Rede de Áreas Marinhas Protegidas do Porto Santo, autênticos santuários da vida selvagem terrestre e marinha, com enorme importância para a preservação de espécies únicas no mundo.
A juntar a esta diversidade de áreas protegidas, o território da Região Autónoma da Madeira apresenta ainda espaços classificados incluídos na Rede Natura 2000, quer ao abrigo da Diretiva Habitats (11 Zonas Especiais de Conservação – ZEC) quer ao abrigo da Diretiva Aves (5 Zonas de Proteção Especial – ZPE).
Tal como o Parque Natural, as atividades nestas área e zonas carecem de pedido de autorização ao Serviço do Parque Natural
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